סודיות - בנייה החופשית היא "אומנות אזוטרית" כלומר, חלק מדרכי פעולותיה אינן גלויות לציבור הרחב. הבונים החופשיים נותנים מספר סיבות לכך. אחת מהן היא שהבנייה החופשית עושה שימוש בסדרה של טקסי קבלה הנקראים "דרגות" כאשר הדרגה הגבוהה ביותר היא דרגה מספר 36

עד חשיפתה של לשכה 72 ידעו רק על 33 דרגות בלבד וכך אלו המכנים את הבנייה החופשית "חברה סודית"  צודקים מכיוון שרק בודדים מהמעגל הראשון נחשפו ולכן בעיני רבים היא משמשת למודל חיקוי וכאבטיפוס לחברות כאלו. בונים חופשיים רבים אומרים שההגדרה "חברה בעלת סודות" נכונה יותר. רמת הסודיות משתנה ממקום למקום. בארצות דוברות אנגלית, רוב הבונים החופשיים מצהירים בגלוי על השתייכותם למסדר. הבניינים המסוניים משולטים בבירור וזמני הפגישות מפורסמים בציבור. בארצות אחרות בהן הבנייה החופשית הייתה אסורה על פי חוק נשמרת עדיין הסודיות בדבקות. אך באף מקום אין הפרטים המדויקים של הריטואל גלויים לציבור.

בין המנהגים האמורים להישאר כמוסים נמצאת לחיצת היד הסודית המסונית, אשר בעזרתה מזהים הבונים החופשיים זה את זה "גם בחושך וגם באור". הבונים עצמם מייחסים חשיבות רבה לסודות אלו ,ואלו פורסמו בספרים שונים - דברים החשובים שכדאי לשים לב אליהם:

"המסורת של המסדר קשורה בשלמה המלך ובהקמת בית המקדש. ירושלים תופסת מקום חשוב במורשת זו, כמרכז הרוחני וההיסטורי וכ'ערש המסדר' עבור חבריו בכל רחבי תבל."

"בשנת 1953 הוקמה 'הלשכה הגדולה למדינת ישראל' המאגדת את כל הלשכות במדינה, ובראשה 'הנשיא הגדול' הנבחר לתפקידו כל שנתיים. היום מונה המסדר כ-70 לשכות, הפזורות בכל הארץ מצפת ונהריה בצפון ועד אילת בדרום, ובהן יותר מ-2,500 אחים."

"המרכז הארצי של מסדר הבונים החופשיים הוא בתל-אביב (אם כי קיימים רחובות וכיכרות על שמו בערים שונות וביניהן ירושלים וחיפה, ואפילו יער על שמו בהרי ירושלים). בתל-אביב נמצאים המשרדים של 'הלשכה הגדולה למדינת ישראל', וכמו-כןהספריה המרכזית, הארכיון והמוזיאון של המיסדר. בעיר זו נמצא גם ההיכל שהוא הגדול מבין המבנים המשמשים כמקומות מפגש ללשכות ברחבי המדינה. היכל זה משמש כמרכז פעילות ליותר מ-20 לשכות מכל חלקי תל-אביב רבתי וכן ללשכה הגדולה ולגופים נלווים."

בנוגע לסודיות נאמר:

"ככל אירגון חברתי שומרת הבניה החופשית על הפרטיות של חלק מסמליה וטקסיה עבור חבריה. מסדר הבונים החופשיים פתוח בפני בני-אדם המעוניינים להתקרב ולהשתייך אליו ללא הבדלי רקע, דת ומעמד חברתי, כאשר - כלשון המיסדר - 'שמם הטוב הולך לפניהם'".

המסמכים מאשרים את העובדה כי 15 מהנשיאים של ארצות הברית היו בונים חופשיים. בנוסף לכך, הם מספקים רשימה חלקית של בונים חופשיים מפורסמים